Les coronavirus dans le monde animal
Une grande diversité avec une clinique variée
Les coronavirus => Bien connu des éleveurs lors d’épisodes de diarrhée néo-natale ou de pathologie respiratoire, le nom de coronavirus vient de faire une entrée fracassante auprès du grand public. La diversité des souches explique les différentes formes cliniques.
Les coronavirus appartiennent à l’immense famille des Coronaviridae. Cet article vous apporte quelques informations sur cette famille avec un focus sur les coronavirus chez les bovins connus depuis plus de 40 ans et le nouveau coronavirus humain, le covid-19. Rappelons ce qu’indique l’ANSES dans son avis du 09/03/2020 : « aucun virus appartenant au sous-groupe du SARS-CoV-2 n’a été détecté chez les animaux domestiques (animaux de rente et de compagnie) et il n’existe pas de lien génétique direct entre le SARS-CoV-2 et les souches de Betacoronavirus isolées chez les animaux domestiques ».
C’est quoi un virus ?
Les virus sont des entités présentes en très grande quantité sur terre (chiffre estimé à 1031 !), que l’on ne peut voir qu’au microscope électronique et dont le statut « d’être vivant » fait encore débat. Ils s’attaquent à toutes les espèces, mammifères (rage, fièvre aphteuse, variole…), plantes (mosaïque du tabac, virus de la tomate…) mais également bactéries. Ce sont des agents infectieux dont la spécificité est l’incapacité à se reproduire seuls ; ils utilisent les cellules de leur hôte pour assurer leur multiplication, entrainant la destruction de la cellule responsable des lésions observées. On les retrouve sous deux formes, inerte lorsqu’ils sont en dehors d’une cellule et active lorsqu’ils se multiplient dans les cellules. Certains virus ont un patrimoine génétique complet (ADN) mais d’autres n’ont qu’un des deux brins (ARN).
Le diagnostic des infections virales
La reproduction intracellulaire stricte des virus complique leur diagnostic et si la mise en culture sur des cellules reste possible, cela reste une technologie difficile à mettre en œuvre. L’analyse la plus utilisée aujourd’hui est la PCR (Polymerase Chain Reaction) qui permet la mise en évidence de l’ADN ou de l’ARN. C’est une technique fiable, relativement rapide et avec un coût maitrisé. Il convient cependant de toujours confronter ce résultat à la clinique, la seule présence du virus n’indiquant pas obligatoirement qu’il est responsable de la pathologie observée.
L’autre technique de diagnostic est la sérologie, avec mise en évidence des anticorps fabriqués par l’organisme en réaction à l’infection. Cela implique d’identifier les anticorps à rechercher et un certain délai est nécessaire avant qu’ils n’apparaissent. Là encore, un résultat positif est à interpréter car il peut s’agir d’anticorps produits lors d’une pathologie antérieure.
Les coronavirus, une immense famille de virus
Les coronavirus forment une immense famille de virus qui infectent toutes les espèces de mammifères. Ils appartiennent à la famille des Coronaviridae et sont classés en quatre groupes et de nombreux sous-groupes. Ce sont des virus à ARN possédant un génome extrêmement long (plusieurs milliers de nucléotides). Ils sont spécifiques de l’espèce qu’ils infectent, mais comme tous les virus à ARN, ils sont plus sensibles aux mutations génétiques avec les conséquences induites : passage sur d’autres espèces, pouvoir pathogène qui peut évoluer, mise au point d’un vaccin qui peut être difficile. Le coronavirus est un virus enveloppé donc fragile, sensible à la chaleur (plus de 60°C), aux détergents et aux solvants.
Le coronavirus chez les bovins, une atteinte digestive…
Découvert en 1972, le coronavirus bovin (BCoV) appartient au groupe des betacoronavirus. Toutes les souches sont actuellement regroupées dans le même sérotype. Il est responsable principalement de gastro-entérites souvent sévères chez le veau non-immunisé, à partir de 4-6 jours de vie. La transmission est oro-fécale et respiratoire avec une incubation de 24h00 en moyenne. Le virus s’attaque aux cellules de l’intestin grêle et du côlon, provoquant leur destruction et responsable d’une diarrhée avec fuite hydrique et baisse de la capacité d’assimilation. Il n’existe pas de médicament spécifique, le traitement fera appel à la réhydratation et aux pansements digestifs. Des vaccins contre ce virus existent depuis plus de 40 ans, la protection du veau se faisant par la prise de colostrum d’une vache immunisée. Plus de 70 % des bovins adultes sont porteurs sains du virus en faible quantité, ce qui entretient leur immunité. En cas de charge virale élevée ou de baisse des défenses immunitaires, de la dysenterie d’hiver sur les vaches peut cependant être observée.
Le coronavirus bovin peut être responsable de diarrhée chez le jeune veau. Transmis par les porteurs sains ou la persistance dans l’environnement (près de 6 mois sur certains supports), le virus impacte particulièrement les veaux de 4 à 6 jours. La désinfection des bâtiments et la vaccination des mères sont les deux mesures à mettre en place pour se prémunir de cette pathologie. Une fois la maladie déclarée, l’isolement rapide des veaux malades permet de limiter les contaminations ultérieures, car même cliniquement guéris, certains veaux restent excréteurs pendant plusieurs semaines.
… et respiratoire
Dans les années 80, l’impact respiratoire du virus sur les jeunes animaux a été mis en évidence. Le tropisme digestif ou respiratoire du virus dépend d’une mutation de la protéine de la spicule (S) de l’enveloppe, qui va conditionner la zone d’attachement du virus dans l’organisme. Cliniquement, les animaux vont présenter de la toux et du jetage, mais des complications de pneumonie peuvent survenir. Le diagnostic du coronavirus respiratoire se fait sur écouvillon nasal, voire prélèvement de poumon en cas de mort de l’animal. Dans le cadre du kit respiratoire GDS Creuse, le virus est mis en évidence sur 35 % des prélèvements PCR effectués en élevage, le plus souvent associé à d’autres agents pathogènes, mais dans les ateliers d’engraissement, plus de 80 % des taurillons sont porteurs du virus. Si l’excrétion digestive peut être longue, l’excrétion nasale est de courte durée, ce qui limite la période de contagiosité.
Notice
Un nouveau coronavirus humain, le covid-19
L’homme peut héberger classiquement quatre souches de coronavirus peu pathogènes, responsables de rhume et de syndrome grippal léger.
Deux autres virus très pathogènes du groupe des betacoronavirus étaient apparus ces dernières années, le SRAS en Asie en 2002-2003, a priori éradiqué, et le MERS en Arabie Saoudite en 2012 qui continue de circuler à bas-bruit. Ils ont pour ancêtres des virus isolés chez différentes espèces de chauves-souris qui ont vraisemblablement franchi la barrière inter-espèces lors de mutations, en passant d’abord par un mammifère (civette dans le cas du SRAS, camélidés dans le cas du MERS), puis à l’Homme.
Apparu pour la première fois en Chine en 2019, le SARS-CoV2 appartient au groupe des betacoronavirus et est responsable d’une maladie respiratoire désignée comme COVID-19 (CoronaVirus Disease – 2019). L’ancêtre du virus est également la chauve-souris et les conditions du passage à l’homme sont encore incertaines. Les infections peuvent aller d’une simple rhinite à des formes respiratoires graves pouvant entrainer la mort par pneumonie dans un certain nombre de cas. La voie principale de transmission du virus est interhumaine, par contact entre les personnes ou à travers l’inhalation de gouttelettes infectieuses émises par les patients lors d’éternuements ou de toux.
Une gestion sanitaire et médicale
L’épisode actuel de circulation du covid-19 sur les humains vient rappeler la nécessité d’une gestion sanitaire des risques infectieux. Cela passe par des mesures d’isolement, de séparation des espèces, de désinfection et éventuellement de vaccination quand elle existe. En l’absence de traitement spécifique de ces pathologies virales, seule l’immunité permet de venir à bout des virus. GDS Creuse se tient à vos côtés pour passer cette période difficile et reste à votre disposition pour tout renseignement complémentaire.
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